Etude de la diversité bactérienne chez l’oursin violet Paracentrotus lividus

Abstract

Compte tenu du rôle important des oursins dans le fonctionnement des écosystèmes sublittoraux, l’étude du microbiome de Paracentrotus lividus a attiré l’attention des chercheurs du monde entier. Afin d’identifier la diversité intrigante des microbiotes de 12 oursins collectés sur deux sites géographiques distincts (les Aiguades et la Brise de mer), une approche culture-dépendante a été menée. Le dénombrement sur milieu PCA a révélé 1461UFC sur l’ensemble des échantillons récoltés, avec une répartition de 10% à la Brise de mer et 90% aux Aiguades. Parmi les 80 isolats bactériens obtenus, une grande diversité a été observée avec des variations dans leurs préférences de croissance en fonction des milieux de culture utilisés. Sur la base des caractéristiques morphologiques des isolats provenant du tube digestif et gonades, 77 souches sélectionnées ont été identifiées phénotypiquement et classées en 4 phyla. Le phylum dominant était les Pseudomonadota (72,7%) avec une forte abondance de souches appartenant à la famille des Enterobacteriaceae (49,4%), et dans une moindre mesure, les Firmicutes (19,5%), les Actinomycetota (3,9%) et les Bacillota (3,9%). L’analyse de la biodiversité chez l’oursin répond à la question de la spécificité du microbiote à l’échelle inter- et intra-individuelle, mettant en avant l’influence de l’écosystème sur cette diversité. Ce constat a permis de révéler qu’un core microbiote formé de membres des phyla Proteobacteria et Firmicutes est établi dans tous les échantillons analysés, quel que soit l’organe ou le site d’échantillonnage, contrairement aux taxons minoritaires typiquement liés à l’emplacement géographique et/ou à l’espèce. Dans l’ensemble, ces résultats sont prometteurs et fournissent des informations précieuses sur la diversité du microbiote chez l’oursin Paracentrotus lividus, ouvrant la voie à de nombreuses recherches futures dans ce domaine.